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科學怪人的劇情大概是這樣的：
陰鬱的科學家維多弗蘭肯斯坦(Victor Frankenstein)遭受喪親之痛，於是開始離群索居，一個人躲在小公寓裡進行「創造生命」的實驗。他從無數死屍上取得部份肢塊，造出了一個由屍體拼湊而成的生命。他試圖將他的創造物做得很美麗，但是事實上他只是個瘋狂沉迷於當「神」的人。神可以依自己美好的形象造人，但是當維多弗蘭肯斯坦造出來的東西睜開雙眼的剎那，他才驚覺那東西是一個連他自己都不敢多看一眼的醜陋怪物。於是，他丟下剛剛誕生、好奇地對他露出看來恐怖至極的微笑的無名怪物，拔腿就跑，從此不再靠近公寓一步。

被自己的創造者遺棄的怪物在荒原中遊蕩，最後在一個小農舍附近躲了起來，經由窗戶偷看著農舍裡溫暖的人類家庭；當他發現自己拿走他們的糧食來吃，導致他們陷入貧窮的處境，良心不安的怪人開始天天上山幫村民撿柴，趁著半夜偷放在人們的家門口以示賠償。除此之外，他還藉由三個月的觀察而學會了人類的語言、哲學、倫理、道德、禮節等等文明世界的精華產物。

終於，趁著一次大多數的家人不在，怪物鼓起勇氣靠近了農舍裡僅剩的盲眼老人，由於老人看不見他醜陋的容貌，便很自然地款待怪物、和怪物談笑風生。怪物談吐優雅有內容、語氣溫柔有教養，一點都不讓老人有恐怖非人之感。事實上，和老人相處的幾小時是怪物一生中第一次、也是最後一次享受到人類的溫情。等農舍的其餘家庭成員回來，看見怪物正在和老人談話，便萬分驚恐地全副武裝將怪物驅逐，不由分說地揚言威脅他再靠近就要殺了他。

身心受創的怪物很難過，他只想被人類──至少他的造物者──所愛、所接納。他心痛於自己竟然只因為長得醜陋非人就得被追殺，沒有選其他擇餘地；他不能選擇生而為人、他不能選擇擁有一張漂亮或至少正常的容貌，他更不能選擇教育自己正確心態的創造者，於是他開始怨恨把他創造出來又棄他而去的父親，維多弗蘭肯斯坦。

他開始追查弗蘭肯斯坦的去向，並在村口詢問一個小男孩他在哪邊，原來和弗蘭肯斯坦有著兄弟血緣的小男孩看到怪物自然也是嚇得咿咿啊啊，於是怪物憤而將小男孩殺死。後來，被以殺人罪名起訴的是弗蘭肯斯坦家無辜的女傭賈絲汀。弗法蘭肯斯坦知道真正的殺人者是誰，但是他因為怕世人知道他創造了怪物，而隱藏了事實。儘管嘴上為賈絲汀抱屈，卻不提出證據，眼睜睜看著無辜的柔順的被處死。

後來弗蘭肯斯坦遇到了怪物。怪物請求他殘酷的造物主原諒。他告訴弗蘭肯斯坦，在一個完全不肯接納、甚至容忍他活著的人類世界裡，他非常的無助、孤單、痛苦而難過，而殺害小男孩其實是想要報復拋棄他的父親──弗蘭肯斯坦──的絕望舉動。他只求弗蘭肯斯坦為他製造一個跟他一樣的女人當同伴，他就會滿足地和女怪人躲到世界的盡頭，兩人相依為命，再也不靠近人類世界一步。

弗蘭肯斯坦答應了，但是卻在製造女怪物時突然出現創造怪物時所沒有的道德危機，反悔了。於是他將未成型的女怪物弄個稀巴爛。在窗外觀看的怪物美夢破滅，在暴怒中他誓言在弗蘭肯斯坦的新婚之日再度出現報復。

即使知道怪物會有所動作，法蘭肯斯坦還是如期結婚了，他害怕怪物會來殺他，於是將新婚妻子伊麗莎白送走，沒想到他安然無事的度過了新婚夜，死的卻是他的妻子。原來，怪物要殺的並不是弗蘭肯斯坦。怪物是想讓不負責的弗蘭肯斯坦和他一樣體驗失去所有、孤獨活在世界上的痛苦。

在失去伊麗莎白之後，弗蘭肯斯坦開始瘋狂獵殺怪物，但事實上狀況比較像是怪物悄悄跟蹤著盲目追殺他的弗蘭肯斯坦。最後，弗蘭肯斯坦追怪物留下的線索追到了北極圈，並在天寒地凍中病倒了。他被一個名叫華頓的船員救起。

在卡在冰層間的船上，臨死的弗蘭肯斯坦將一切都告訴了華頓。最後，故事說完，弗蘭肯斯坦在告誡華頓怪物很會說話、千萬別對他產生憐憫之後就病發身亡。

這時，怪物突然出現在船上，看見他這輩子唯一的親人、唯一的仇人，同時也是他存在的唯一理由的造物者死了，他頓時失去了生存的一切意義，於是從恐怖的黃色眼睛裡流出了淚水，哀痛地對華頓說他的生命就到此為止了，他將引火自焚，結束他悲慘、醜陋、苦難、天遣、無法愛人也無法被愛的一生。最後，心生憐憫的華頓就這麼看著怪物一個人消失在冰凍的極地深處。