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軍警包圍台大與師院宿舍進行圍捕，引發學生利用餐桌、椅等等擋住樓梯，像軍警摔東西反抗，最後仍被突破逮捕學生以卡車運走，被捕人高達一百多名，其中有七名學生被捕後槍決，許多學生紛紛出走中國。
台／大校長不滿當局不經法律行徑進入台大校園，親自找當局交涉，要求台大師生被捕需要經過校長批准，甚至警告當時警備總司令**「若有學生流血，我要跟你拚命！」**，此校長極力保全涉案學生，甚至要求不允許讓學生戴上手銬，保留學籍等等，因此台大在這次事件中受創較輕。
師／大校長則是高度配合政府，甚至偕同軍警逮捕學生。
除了部分涉案學生遭逮捕、槍決，政府還命師院停課，學生重新入籍。
兩所學校皆被大力整頓一番，校方皆實行軍事化管理。