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新竹市小六男童命案，警方查訪多名到李姓嫌犯家中的小朋友，有人坦承嫌犯每次以五百到一千元的代價，猥褻他的生殖器，警方推測李姓嫌犯有戀童癖。至於，另一名陳姓嫌犯儘管翻供，坦承以五十萬元受雇行凶殺害男童，但堅稱和李姓嫌犯只是普通朋友，檢警認為兩人供詞有所保留。
新竹市小六男童命案，由於自殺獲救的李姓嫌犯，留有五封遺書給四名國中生和一名國小生，警方懷疑李姓嫌犯有戀童癖。但嫌犯的筆電和平板電腦在解碼後，並沒有查扣猥褻男童的影片和照片，只留有兩段給一名國中生的交待遺言影片。不過警方也對其餘男童進行查訪，其中一名男童在家長鼓勵下說出實話，坦承被李姓嫌犯猥褻生殖器，每次的代價是五百元到一千元。
由於涉及男童被猥褻，市府教育處和社會處也介入調查，並表示會對其餘男童進行心理輔導。新竹地檢署也指示警方，將全案依殺人和猥褻罪嫌分案移送。至於李姓嫌犯和陳姓嫌犯，警方認為兩人的交情匪淺，但陳姓嫌犯則向檢警供稱，與李姓嫌犯只是普通朋友，檢警也認為兩人的供詞有所保留。至於翻供坦承受雇殺人的陳姓男子，警局應訊時泰然自若，不時臉帶微笑，也讓警方覺得怪怪的
另外，男童解剖驗屍雖然沒有外傷，但警方根據監視畫面，以及其它小朋友的供詞，認為男童在從社區A棟九樓，到地下室再轉到C棟四樓套房的過程中，男童應該仍有氣息，懷疑當時已被灌食安眠藥，警方也推測C棟四樓的陳屍處，就是命案的第一現場。檢警為釐清所有疑點，也將比對兩人供詞，甚至進行現場重建。