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這個故事是在講述名為查理的主人公，因為接受了一個「能夠把人變聰明」的手術，由天生智能障礙逐漸轉變為舉世的天才，最後因為手術的機制並不完美，最後大腦逐漸萎縮回原來的樣子，再次變回智能障礙的故事。

阿爾吉儂是故事中，比查理更早一步接受手術而變得聰明的小白鼠。

查理在變聰明的過程中，他不只發現自己曾經是被嘲笑的對象，同時還有許多他在不夠聰明時沒能發現的不公平、憤怒、痛苦，隨著他的智能提升，他的慾望與自尊也提升了，他在這個過程中體驗到了不解、迷惘、羞恥，同時因為不明白要如何去克制自己變得聰明而不禁感覺其他人愚笨，不知該如何「用聰明的方式表達」，他一度陷入被所有人排斥的處境，非常的痛苦。

那是因為他的「自我」和「智慧」並不匹配，他不明白運用這個頭腦的方法，他持有它，卻不曉得如何與之共處。

「只有高智商是微不足道的」

以日誌手法書寫的《給阿爾吉儂的花束》對於溫斯頓來說，就像是和查理一起從愚笨變得聰明，又再度變得愚笨似的，他感覺自己似乎從來都沒有聰明過，又或是，他再怎麼聰明，感覺都像是那隻小白鼠一樣⋯⋯之於這個世界，就像是聰明的小白鼠，像是查理⋯⋯

他陷入自己的迷宮。

實際上，「提升智商」這件事如果從出生的時候起，作為基底，是不會造成查理那個情況的，因為從一開始這個孩子就很聰明，但是對溫斯頓來說不能夠那樣解釋，即便事實是如此，他也認為「自我」的成長比擁有「智慧」的工具更加重要，但是沒有人能真正的定義「自我」，他想去追尋，有些迷惘，不曉得如何去撥開迷霧，可是決定去做。